Dominio normanno
La morfologia della città, le sue peculiarità, l’economia, la flora e la fauna.
Ben presto si riaprirono i contrasti fra Greci, Saraceni e Longobardi, contrasti di cui approfittarono i Normanni che, guidati da Guglielmo d'Altavilla, si mossero alla conquista dell'Italia Meridionale. Bari fu espugnata dopo tre anni d'assedio da Roberto, successore di Guglielmo, nel 1071. Cessata così l'egemonia bizantina, subentrò il dominio dei Normanni, che instaurarono nel nostro paese un sistema feudale ad imitazione di quello francese. Alla morte di Roberto il Guiscardo, avvenuta nel 1085, la Puglia fu divisa fra i figli Boemondo, che ottenne il territorio di Bari, e Ruggero, cui fu assegnato il resto della regione.
Dopo una serie di lotte fra i principi normanni degli Altavilla, Ruggero II divenne dominatore incontrastato di tutta la regione. A quell'epoca Molfetta, sebbene dotata di libertà amministrativa, continuava ad essere feudo di Ruggero II, il quale col patto di Bari del 1132 ne aveva riconosciuto gli antichi privilegi. I suoi nemici, guidati da Rainolfo d'Alife, cognato di Ruggero, si coalizzarono contro di lui e chiesero aiuto a papa Innocenzo II, che a sua volta chiese l'alleanza di Lotario di Supplimburgo, imperatore di Germania. Quest'ultimo nel 1137 strinse d'assedio Bari. Durante l'assedio gli eserciti effettuarono scorrerie in vari paesi della provincia, fra cui Molfetta che fu saccheggiata e depredata.
A Ruggero II successe il figlio Guglielmo I, detto il Malo, e a quest'ultimo nel 1165 il figlio Guglielmo II, detto il Buono, morto nel 1189 senza eredi maschi. Con lui si estinse la dinastia normanna.
Durante il dominio normanno Molfetta diede notevole impulso all'attività marinara, stipulando nel 1148 un trattato commerciale con la città dalmata di Ragusa, in base al quale molfettesi e ragusei si esentavano a vicenda dal pagamento dei diritti consuetudinari. Successivamente, nel 1268, stipulò un altro trattato di amicizia con Ortona.