Dominio angioino

Carlo d'Angiò durante il suo regno impose tasse e fece coniare una nuova moneta, il carlino, che, pur non essendo d'oro, venne equiparata all'augustale d'oro di Federico II. A Carlo I, morto nel 1285, successe Carlo II, che fu incoronato re delle Due Sicilie nel 1289. Nel 1309 gli successe Roberto d'Angiò, che continuò la politica di Carlo I e lasciò lo stato in pessime condizioni, in preda al brigantaggio e a molti altri mali.

Alla morte di Roberto d'Angiò, avvenuta nel 1343, la signoria di Molfetta passò a Giovanna, nipote della regina di Napoli, che a sua volta la cedette nel 1346 insieme alle signorie di Bisceglie, Giovinazzo ed Altamura a suo cognato Roberto d'Angiò, principe di Taranto. Molfetta non riconobbe la signoria di Roberto e prese le armi contro di lui. Roberto dopo l'occupazione di Bisceglie mandò un araldo a Molfetta per trattare la resa, ma i molfettesi non si arresero e furono attaccati dall'esercito di Roberto. I combattenti molfettesi, pur inferiori di numero, si difesero strenuamente dando prova di grande valore, ma alla fine dovettero soccombere scendendo a patti col nemico.

Morto Roberto nel 1364, i molfettesi chiesero ed ottennero da papa Urbano V l'antica prerogativa di Città Regia, concessa un tempo alla città da Costanza d'Altavilla.